Sí, puedes trabajar en otro país de la Unión Europea como autónomo establecido en España, pero cotizar en España sólo si solicitas y obtienes el formulario A1 (o modelo TA-300) antes del desplazamiento, y la actividad que realices allí es temporal y similar a la que ya hacías en España.
Si no cumples esas condiciones, la regla general es cotizar en el país donde efectivamente prestas el servicio.